Fun Home -musikaali kertoo novelisti Alisonista, joka yllättäen menettää isänsä, ja joutuu sukeltamaan syvälle menneisyyteensä kertoakseen tarinan häilyväisestä, loistavasta ja ainutlaatuisesta miehestä, jonka temperamentti ja salaisuudet määrittelivät koko Alisonin perheen ja hänen elämänsä.
Liikkuen menneen ja nykyajan välillä, Alison elää uudelleen ainutlaatuisen lapsuutensa, hänen ymmärryksensä omasta seksuaalisuudestaan sekä uhkaavat, kysymykset vailla vastausta hänen isänsä piilotetuista haaveista.